Anders als viele Waren- oder Gütezeichen-Systeme ist QS nicht auf die Prüfung des (End)Produkts, sondern auf die Prüfung der Prozesse entlang der gesamten Produktions- und Vermarktungskette ausgerichtet. Der Weg beginnt bei der Futtermittelproduktion, umfasst die Landwirtschaft in Stall und Feld, schließt die Schlachtung und Zerlegung sowie die Verarbeitung ein und endet beim Bindeglied zum Verbraucher, dem Lebensmitteleinzelhandel. Alle Beteiligten sind für die Qualität und Sicherheit des Lebensmittels verantwortlich, weshalb QS für jeden Prozessschritt spezifische Anforderungen definiert. Unabhängige Auditoren überprüfen vor Ort, ob die festgelegten Kriterien in der Praxis eingehalten werden.