Die Belange des Tierschutzes und der Tiergesundheit werden im QS-System streng überwacht. So ist die Einhaltung der gesetzlichen Tierschutzvorschriften wesentliche Voraussetzung für die Teilnahme am QS-Prüfsystem.

Durch die konsequente und dokumentierte Kontrolle aller landwirtschaftlichen Betriebe und der Schlachtbetriebe trägt QS maßgeblich zur Umsetzung des Tierschutzgesetzes bei. Der bauliche Zustand der Ställe, die Fütterung und Pflege der Tiere, die spezifischen Haltungsbedingungen, die Sachkunde des Transporteurs, die Einhaltung der Hygienevorschriften, die Betreuung des Tierbestandes durch einen Vertragstierarzt und die korrekte Anwendung von Arzneimitteln seien als einige wenige QS-Kriterien an dieser Stelle genannt.